Science: 五大精神疾病之间多重基因的重叠研究
本篇文章分析了五大精神疾病( 自闭症,精神分裂症, 双相障碍, 抑郁和酗酒) 之间共同的分子神经病理学基础以及它们之间多重基因的重叠,希望能从中找到一些线索。
Gandal ( 第一作者) 的实验室主要是融合通过多层面的研究来解释精神疾病的神经生理学基础。这篇文章的通讯作者是 Daniel Geschwind, 是世界知名的遗传学专家, 他以前分析了很多转录组的数据。
在这篇文章中, 他们依然利用转录组数据,构建了一个关于这五种精神疾病的量化分析( vs控制组: 炎症性肠病), 想通过这种方法来了解这五种神经精神疾病是否有着共同的特征,以及这些特征是否能够反映出遗传风险( genetic risk) 。 研究逻辑和试验设计参见图一。
图一
他们首先分析了这些精神疾病病人大脑皮层的基因表达( 数据量:自闭症 50, 精神分裂159, 双相障碍 94, 抑郁 87, 醺酒 17, 控制组 293) ,结果见图二。 对比它们之间的基因表达,可以看到很大一部分的重叠, 同时这些数据也表明了这些精神疾病共同和特殊的下调和上调基因( down-and up-regulated genes) 。
图三
图三是作者为了描述相关的生物途径( biological pathways) 特征,做的加权相关网络分析( Rwgcna) , 结果显示了一些共同和特殊的共同表达模块( coexpression modules) 。通过对比 SNP-based 的基因相关和对应的转录组重叠数据,发现 SNP 共同遗传和相同疾病的转录组数据显著相关,说明了这些基因表达模式( patterns) 反映了对应的遗传变异所影响的生物过程( biological processes) 。 结果见图二 C。
图二
为了解释这些疾病相关的遗传变异是如何影响特定的生物过程, 他们研究了有没有任何模块对某一精神疾病或者相关的认知和行为特征有影响。 结果见图四。 数据说明了共同和稀少的遗传变异在自闭症和精神分裂症的突触功能有着下调的影响。
图四
这篇文章主要通过量化五大精神疾病的脑皮质病理数据,为相关的分子信号通道提供了一个研究基础, 并尝试解释了遗传变异是如何作用在这些精神疾病上的。感兴趣的可以下载仔细阅读,研究结果和研究的方法都值得借鉴。
我的感想是,现在数据越来越多,共享的也越来越多,那么怎么利用这些数据,怎么解释它们,怎么为我们的研究方向提供新的思路,是我们需要认真思考的问题。而且,这些问题,在任何一个学科都存在。
参考文献
Gandal, M. J., Haney, J. R., Parikshak, N. N., Leppa, V., Ramaswami, G., Hartl, C., ... & Liu, C.
(2018). Shared molecular neuropathology across major psychiatric disorders parallels polygenic
overlap. Science, 359(6376), 693-697.
封面图片来源于dreamstime.com
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